Od XIV-XV w. Marcinkowice były wsią rycerską, a od przełomu XV/XVI w. — szlachecką. Szlachta zrezygnowała z udziału w wojnach, a zaczęła tworzyć wielkie posiadłości ziemskie, przynoszące znaczne dochody. Pogorszyła się natomiast sytuacja chłopa, który musiał przepracować u pana kilka dni w tygodniu"

 

Marcinkowice, Chomranice, część Brzeznej, później również Klęczany,

 przez długi okres należały do rodziny Marcinkowskich, herbu Gryf.

Herb Gryfitów

    W 1559 r. na górze Chełm dokonano rozdziału dóbr między braci Marcinkowskich na Marcinkowice Niżne i Wyżnę, które z czasem znowu
złączyły się w jedną wieś20.
    Podając za Stamirskim "na 290 wsi Sądeczyzny w 1629 r. było: królewskich 34, należących do instytucji miejskich 4, kościelnych 100, szlacheckich 152"
   Na początku XVII wieku właścicielem wsi był Przecław Marcinkowski, podstoli krakowski, reprezentant starego rodu sądeckiego Gryfitów-Świebodziców. Skupiał w swoim ręku również Krasne Potockie, Chomranice Wyższe oraz po jednej części wsi w Chomranicach Niższych i Męcinie Dolnej22. Potwierdzeniem tego faktu są dokumenty (tablica 1: Stan gospodarczy wsi Sądeczyzny w r. 1629 - fragment).
    O tym, że w XVII w. istniał w Marcinkowicach dwór szlachecki świadczą resztki spalonych belek (ślad pożaru dokonanego przez Szwedów), piwniczne mury oraz kilka srebrnych monet z wizerunkiem Jana Kazimierza, wykopane w 1948 r. podczas wybierania fundamentów pod budowę kościoła".
    W czasie potopu szwedzkiego miejscowość doznała licznych szkód. Szwedzi i Arianie z Dąbrowy ruszyli do Marcinkowic, wsi Jerzego Marcinkowskiego. Spalili najpierw dwór, budynki i kaplicę w Marcinkowicach Niżnych. Następnie napadli na dwór w Marcinkowicach Wyżnych, zniszczyli kaplicę, browar, stodoły, zagrabili bydło. Przeciwko Szwedom walczył Jan Marcinkowski, za co został nagrodzony na mocy wydanego w Lublinie w 1656 r. reskryptu króla Jana Kazimierza24.
    W latach 1705-1709 w czasie walk domowych między stronnikami Stanisława Leszczyńskiego i Augusta Sasa dały się we znaki ludności wsi przemarsze wojsk. Jeszcze dotkliwsze były kontrybucje wojsk kozackich, polskich i saskich w latach 1 735-1 737".
    Osiemnastego czerwca 1771 r. doszło w Marcinkowicach do potyczki konfederatów barskich z wojskami rosyjskimi. Na czele konfederatów stali pułkownik Kieniewicz i major Kutacki. Zabitych trzech konfederatów pochowano w Chomranicach w podziemiach kościoła26.
    Traktatem rozbiorowym z sierpnia 1772 r. południowe tereny Polski, z których utworzono prowincję o nazwie Galicja, włączone zostały do Austrii. Obszary dworskie stanowiły samodzielne jednostki administracyjne z przełożonymi obszarów na czele27. Na początku XVIII w. Teresa z Gumienieckich, wdowa po Antonim Jacie, Wojskim sądeckim i właścicielu Marcinkowic, wyszła powtórnie za mąż za Antoniego Paszyca28.
    Pierwszy austriacki sejm w r. 1848 zniósł pańszczyznę i poddaństwo chłopów oraz uwłaszczył ich. W 1849 r. przeszła przez wieś część armii rosyjskiej, dążącej na pomoc Austrii celem zgniecenia powstania węgierskiego29. Informacje o powstaniu 1863 r. są niejasne. Jest możliwe, że mieszkańcy wsi tylko słyszeli na temat tego powstania, gdyż od r. 1922 mieszkał w Marcinkowicach były powstaniec, Adam Morawski, ojciec Stanisława, późniejszego właściciela dóbr'".
    Od r. 1864 właścicielami wsi zostali hrabiostwo Marasse z Jurkowa. Majątek dworski liczył wtedy ok. 350 morgów.
    W 1884 r. we wsi powstała stacja kolejowa linii kolejowej Nowy Sącz - Chabówka, a w 1886 wybudowano pierwszą szkołę powszechną31. W Rdziostowie bracia Potoczkowie założyli w 1893 r. Związek Stronnictwa Chłopskiego, pierwszą organizację polityczną chłopów polskich. Z tą organizacją związani byli niektórzy mieszkańcy Marcinkowic, m. in. Jan Bąk32.

Kolejnym właścicielem dworu i majątku został w 1891 r. Albert Fauck,

do którego należały kopalnie ropy naftowej w Klęczanach.