1 września 1939 r. wybuchła II wojna światowa. Anna Iwańska, mieszkanka Marcinkowic wspomina: " (...) Kiedy obudziłam się rankiem, usłyszałam huk lecących samolotów. To niemieckie bombowce sunęły szybko po błękicie nieba. Pogoda była słoneczna. Starsi ludzie mówili wówczas, że nawet Niemcom ona sprzyja i bez przeszkód wojska niemieckie zalewały nasz kraj. Dzieci nie poszły do szkoły. Wybrałam się do miasta (Nowy Sącz), ale zawróciłam, jakoś zrobiło mi się straszno. Zdałam sobie sprawę, że to naprawdę wojna. Znajomi mężczyźni wyruszyli na front. Smutne rozstania, odprowadzanie do granic wsi. Po głowie "chodziło" uporczywe pytanie: Czy wrócą?
Psychoza wojny, panika, lęk przed wrogiem. Ludzie zaczęli uciekać, sami nie wiedząc dokąd. Szli razem z wojskiem, wielu z naszej wsi wyruszyło "naprzeciw wojnie" - bo jak to inaczej nazwać?
Pamiętam dokładnie, jakby to było wczoraj, wielką łunę nad Świniarskiem. To płonęły domy i zagrody we wsi. Niemcy spacyfikowali wieś za to, że jej mieszkańcy ośmielili się otworzyć ogień do nadjeżdżających wojsk niemieckich. Kilku śmiałków zaczęło strzelać, a może jakaś przypadkowa kula zabłąkała się, a oskarżono mieszkańców wsi. Zakładników rozstrzelano i ich ciała ułożono wzdłuż pomnika grunwaldzkiego w Świniarsku. Mieli być postrachem dla Polaków, którzy ośmielą się podnieść rękę na Niemców. (...)
Takie były początki tego pamiętnego września. Tak triumfalnie wjeżdżali Niemcy do Nowego Sącza. A potem to już dni czarnej okupacji, których nie chciałabym jeszcze raz przeżyć (...)
W czasie drugiej wojny światowej wielu mieszkańców wsi dało dowód wspaniałego patriotyzmu. W kampanii wrześniowej walczyli: Ludwik Bobrowski, Stanisław Męźyk, Jan Wróbel, Wojciech Brdej, Józef Iwański, Ignacy Kafliński, Franciszek Smajdor, Jan Baran, Franciszek Kaczmarczyk, Piotr Kalisz, Tadeusz Jankoś, Stanisław Mróz, Jan Wójs, Karol Sowa, Emil Gawroński, Franciszek Mróz, Stanisław Opoka, Józef Żak, Stanisław Wideł, Stanisław Sarata47.
Na przełomie lat 1939/40 major Stanisław Wideł utworzył w Marcinkowicach pierwszą na ziemi sądeckiej placówkę wojskowego ruchu oporu, działającą pod kryptonimem "Zofia" i obejmującą osiem wiosek gminy Chłmiec. Major Wideł wciągnął do ruchu oporu głównie kolejarzy. Byli łącznikami, kolporterami, ukrywali działaczy wojskowego ruchu oporu, przewozili rozkazy, amunicję, prasę, dostarczali wiadomości o ruchach transportu i wojskach nieprzyjaciela. Gestapo wykryło działalność majora Widfa. Wywieziony do Oświęcimia, został rozstrzelany pod ścianą śmierci w kwietniu 1942 r.
Dwór Morawskich stał się jednym z ważniejszych punktów etapowych dla przerzutów i łączności zagranicznej. Działalność rozpoczął syn właścicieli dworu, Jan "Zawoja", wstępując w listopadzie 1939 r. w szeregi organizacji harcerskiej "Orzeł Biały", mającej właśnie za jeden z głównych celów pomoc uchodźcom. Założył w Marcinkowicach komórkę Związku Walki Zbrojnej i objął komendę tej placówki. W dworze marcinkowickim znajdowali pomoc i opiekę oficerowie spieszący do armii generała Sikorskiego. Stanisław i Olga Morawscy pomagali uchodźcom i sądeckiemu podziemiu. Działali głównie w ramach akowskiego zaplecza zaopatrzeniowego pod kryptonimem "Uprawa" i "Tarcza".
Wśród działaczy ruchu oporu w placówce Chełmiec ciekawą postacią był Zdzisław Kucharski. Pełniąc w latach okupacji funkcję magazyniera rożnowskiej zapory na stacji w Marcinkowicach, pracował zarazem w wojskowym podziemiu jako wywiadowca "Zofii". Aresztowany we wrześniu 1942 r. przeszedł katusze wielomiesięcznego śledztwa. Skazany na obóz i umieszczony w celi "oświęcimskiej" wraz z sześcioma innymi stał się współorganizatorem największej w tym czasie ucieczki z sądeckiego więzienia. Przez pewien czas ukrywał się, a następnie wszedł w szeregi oddziału partyzanckiego "Topora"48.
Współpracownikami "Zofii" byli także: Jan Mróz, Feliks Wideł, Jan Wójs. Zasługi w pracy obwodu miała również siostra majora Widła - Aniela Wideł, która była główną łączniczką wewnętrznej sieci pocztowej obwodu.
Mieszkańcy Marcinkowic uczestniczyli w pracach organizacji konspiracyjnych. Dostarczali oddziałom partyzanckim żywność, przekazywali wiadomości, udzielali noclegów, przeprawiali przez Dunajec. W konspiracji pracowali m. in. Stanisława Jojczyk, Jan Wójsik, Ferdynand Kwiatkowski, Ludwik Bobrowski.
Na uwagę zasługuje działalność Marii Sopaty, kierowniczki szkoły w Rdziostowie, która mieszkała w pobliżu miejsca, gdzie Niemcy rozstrzeliwali więźniów. Obserwowała i opisywała w dzienniku każdą akcję rozstrzeliwań, a wiadomości przekazywała partyzantom. W Rdziostowie zginęło w czasie okupacji ok. 2500 osób.
Mieszkańcy Marcinkowic brali również udział w walce poza granicami państwa. Wielu zostało wywiezionych do Niemiec na przymusowe roboty49. Byli i tacy, którzy oddali swe życie. W Oświęcimiu zginęli: Stanisław Wideł, Ludwik Bobrowski, Władysław Szewczyk, Paweł Świderski, Władysław Krzyżak, Marcin Budnik, Feliks Wideł, Tadeusz Wójsik. Przed wojną mieszkało we wsi siedem rodzin żydowskich. Nikt nie ocalał, zginęło ok. 40 osób50.
W latach 1940-45 istniało w Marcinkowicach biuro niemieckie - Zarząd Budowy Okopów. Przy budowie szańców i bunkrów musieli pracować wszyscy mieszkańcy: mężczyźni, kobiety i młodzież. Mężczyźni ścinali i obciosywali drzewa, kobiety zbierały i paliły gałęzie. Dzienna norma wynosiła 40 ociosanych belek. Okopy zwane "pancergrabami" biegły od zabudowań Iwańskiego (granica z Rdziostwem) przez sad Kafla (Mężyka) w stronę zabudowań Olesiaka (obok pól TRR) przez las Pasternik, aż do Klęczan po dom Ćwika. Przy budowie okopów pracowali wówczas m.in. Elżbieta Laskosz, Anna Borzęcka, Jerzy Budnik, Antoni Potoczek, Piotr Kalisz, Tadeusz Żak, Stefan Janicki, Nowak5'. Zmuszano także mieszkańców do oddawania na rzecz Niemców tzw. kontyngentów.
Dziewiętnastego stycznia 1945 r. Pieriekopska Dywizja Artylerii Przeciwlotniczej, pod dowództwem pułkownika Fiedora Bolbata wyzwoliła Marcinkowice.
